원가주의에 입각한 현행의 전기요금결정 방식은 정부규제의 중립성 및 효율적 생산을 전제로 하고 있으나 비용발생의 원천이 어디에 있든지 간에 모든 비용이 요금에 반영될 수 밖에 없다는 현실적 상황은 기업내부에 소위 도덕적 해이 현상을 불러 일으켜 효율적 생산을 저해할 뿐만 아니라 정부로 하여금 전기요금을 부문외적 목표로 실현하는 정책수단으로 활용할 수 있는 환경을 조성하여 자원의 효율적 배분을 저해한다. 현행 요금체계의 개선 방안으로는 현행 산업구조의 유지를 전제로 한 가격상한제 등과 같은 새로운 가격제도의 도입을 고려해 볼 수 있으나 최근의 추세에서 보는 바와 같이 원가주의 토대가 되는 수직 통합적 산업구조 자체를 문제 삼는 구조개편 시대에는 전력산어븨 수직적 구조분리 및 경쟁적 시장가격제도를 통한 자원배분 방식이 관리가격제도의 문제점을 극복하는 근본적 대안으로 나타난다. 현재 추진되고 있는 구조개편 계획에 의하면 발전부문에 시장가격체제가 도입되더라도 송·배전 부문은 자연독점적 성격을 유지하게 되어 시장성과의 대부분은 발전시장 및 최종 판매시장에서 나타나게 되는데 구조개편 초기 일정기간(2009년까지)은 판매부문 역시 지역독점체제를 유지할 것이기 때문에 결국 발전경쟁시장에서의 가격행태 및 성과가 시장가격제도의 핵심 내용을 이루게 된다. 발전시장에서의 경쟁적 가격입찰의 결과로 나타나는 도매전력가격 수준 및 구조하에서 이윤극대화를 추구하는 발전사업자의 효율적 생산, 비용절감 동기는 충분히 주어지게 되고, 종래 원가주의 구조하의 도덕적 해이(Moral Hazard)나 역선택(Adverse Selection)에 의한 생산성 저하 문제는 그 해결의 실마리를 찾게 된다. 또한 민간 중심의 경쟁적 구조하에서 정책적 필요에 따라 요금 수준을 조정할 수 있는 여지는 크게 좁아지게 되고, 주어진 실시간 도매가격 구조하에서 최종소비자 시장에서의 소비자간 교차보조(Cross subsidy)는 상당부분 현실성을 상실케 된다. 경쟁적 시장가격제도로의 이행은 여러가지 새로운 문제를 야기하는 바, 특히 시장질서로의 이행에 따른 시장가격의 급격한 변화나 시장위험도의 증가에 따른 자본비용 상승, 발전사업자간 담합에 희한 가격상승, 시장거래비용의 증대, 기타 이행상의 제 문제가 제기된다, 발전부문이 시장가격체제로 이행하여 풀시장규칙에 따라 가격이 정해지는 경우의 발전시장가격(계통한계가격+용량요금)은 50.7원/kWh 수준으로, 여기에 계통제약요인이나 연료제약에 따른 부가비용(Uplift)을 고려할 경우 현재의 발전부문의 원가(51.8원/kWh)를 초과하여 나타날 가능성이 큰 것으로 평가된다. 이는 현재의 전원구성이 시장기준으로는 다소 부적절, 기저부하시간대의 시장가격이 적정수준 이상으로 상승하여 나타난 결과로 해석된다. 그러나 이런 문제는 구조개편의 인세티브 효과가 나타나기 이전인 구조개편 초기에 과거의 구조와 시장질서가 맞지 않아 일어나는 문제로 시장구조의 정착과 함께 적정 전원구성을 유도하여 오히려 향후의 가격하락을 주도하는 요인으로 작용한다. 일부 시장위험도의 증가에 따른 자본비용의 상승도 경쟁시장에서의 비용절감 노력과 가격효율성의 증대로 상쇄되어 시장가격은 중·장기적으로 하향 안정화될 것으로 보여지는데 이는 앞서 시장가격체제로 이행한 나라들의 경험에서도 입증되고 있다. 시장가격제도로의 이행은 분명 과거 수직 통합적 구조하의 원가주의에 입각한 요금체제의 많은 구조적 문제점들을 해결할 수 있는 수단들은 갖고 있지만 이러한 개선효과가 가시화 되기 위해서는 일정한 시간이 필요하기 때문에 구조개편, 시장가격체제의 효과를 세대간에 균등하게 누리기 위해서는 초기의 가격불안정 요인을 안정화하는 방안이 필요하다. 또한 시장가격제도라는 전체 묶음 속에서도 대안적 시장제도 간에는 가격성과가 상당한 차이를 보일 수 있기 때문에 우리 실정에 맞는 시장제도를 찾아 나가는 작업이 중요하다. 일례로 구조개편 초기 불완전한 시장구조 하에서 발전사업자들의 전략적 행동을 방지하고 수요독점상의 부작용을 최소화하는 한 방법으로 비용기준 발전경쟁시장 단계를 설정하였으나 실제적인 운영 측면에서 오히려 전략적 행동의 가능성이 더 크다로 할 때 가급적 빠른 시일 안에 가격경쟁단계로 이행하는 것이 바람직하게 된다.