정부는 우리나라 대도시의 대기질 개선을 위한 노력으로 2000년도부터 천연가스자동차(Compressed Natural Gas) 보급사업을 시작하면서 CNG 차량의 보급은 크게 확대되어 왔다. 정부는 CNG 자동차 보급 확대를 위해 시내버스를 중심으로 차량 구입비 보조, 취득세 면제, 부가가치세 면제, 융자금 보조, 연료비 보조, 환경개선부담금 면제 등의 지원정책을 실시해 왔다. 제2차 에너지세제 개편 이후 클린디젤 기술의 개발과 경유 차량에 대한 배출량 기준의 강화로 경유에 의한 환경비용이 급감함에 따라 보조금이 지원되는 CNG 차량과의 형평성 문제가 발생하고 있다. 클린디젤 기술 개발로 경유의 연비가 높아지고 대기오염물질 배출량이 감소해왔다. 경유 차량에 대하여 2009년에 강화된 배출량 기준인 EURO-5가 도입되고, 2014년에는 기준이 더욱 강화된 EURO-6 기준이 도입되었다. 수송용 에너지는 혼잡비용, 환경비용 등의 사회적 비용을 고려하여 다른 용도로 사용되는 에너지보다 높은 세금이 부과되어야 함에도 불구하고, 현재 CNG에는 33.7원/m3의 개별소비세(탄력세율)만 부과되고 있어 제도 개선이 필요하다. 수송용 천연가스에 대한 EU 에너지 지침상의 최소 부과액은 207원/kg으로서 현행 42원/kg보다 월등히 높은 수준이다. 현행 CNG에 대한 세금은 용도와 상관없이 부과되는 천연가스(LNG) 개별소비세(42원/kg) 이외에는 부과되고 있지 않기 때문이다. 이에 따라 휘발유 및 경유와 세금차이로 인해 CNG 차량으로 차량 개조가 이루어지고 있어 에너지수급이 왜곡되고 있는 실정이다. 본 연구는 CNG 차량에 대한 세제 및 정책을 개선함으로써 수송용 에너지원 간 공정한 경쟁을 촉진하여 자원배분의 효율성을 제고할 뿐만 아니라 대기질을 개선하고 온실가스 감축에 기여함을 목적으로 한다. 지역적 문제와 지구적 문제를 동시에 고려한 CNG 세금 조정방안을 제시하여 수송용 에너지원 간 상대적 형평성을 제고한다. 또한 최근 경유 차량의 기술발전과 배출량 기준 강화를 고려하여 CNG차량에 대한 보급정책을 평가한다.